O conjunto monumental denominado Paço de São Cristóvão se constitui de duas arquiteturas: a do palácio e a de seu embasamento. As duas sofreram inúmeras transformações ao longo do tempo e encontram-se, hoje, gravemente comprometidas. Restaurar o Paço implica, necessariamente, na recuperação de ambas.
A iconografia histórica permite observar as diferentes configurações assumidas pela construção topográfica sobre a qual se implanta o Palácio e revela a permanente complementação programática desempenhada por construções anexas localizadas junto à sua face noroeste.
Não obstante sua Importância funcional, esses anexos, inclusive em sua versão atual, sempre comprometeram a integridade paisagística do monumento. O projeto de restauração pretende estabelecer uma relação de continuidade entre os diversos antigos e a intervenção proposta, incluindo a manutenção das evidências da destruição causada pelo incêndio.
Sob essa perspectiva, a necessidade de remodelação do atual anexo se apresenta como uma grande oportunidade em dois sentidos: no de restabelecer a solidez e austeridade do embasamento e, simultaneamente, no de conectar adequadamente o Museu ao setor noroeste da Quinta (estacionamentos, restaurantes, circo, zoológico). Desenhada mais como paisagem do que como arquitetura, a nova edificação se apresenta como uma sequencia de suaves rampas (5% de declividade) delimitadas por robustos planos de pedra, organizando um percurso que conecta os diversos níveis e ao longo do qual vão sendo revelados os novos programas e possibilidades de acesso.